安徽医学高等专科学校工会，全称为安徽医学高等专科学校工会委员会。校工会是在学校党委和上级工会领导下开展工作的群众组织。学校工会委员会现由14人组成，设有工会主席1人，工会干事1人。截止2024年10月31日，学校现有在职教职工会员580余人，由机关一分工会、机关二分工会、公共基础学院分工会、基础医学院分工会、马克思主义学院分工会、临床医学院（全科医学院）分工会、口腔医学院（附属口腔医院）分工会、医学技术学院分工会、护理学院分工会、公共卫生与健康管理学院分工会、药学院分工会共11个二级单位分工会组成。

在学校党委和省卫健委直属机关工会的领导下，校工会认真履行工会“维护、教育、参与、建设”四项社会职能，紧紧围绕学校的中心工作，全力维护广大教职工的合法权益，努力把工会办成广大教职工会员热爱的“职工之家”。近年来，校工会积极开展丰富多彩、形式多样的教职工文体活动，先后荣获“安徽省教科文卫体系统工会工作先进集体”“中国好男儿安徽省大学生篮球赛暨第四届安徽省校长杯高校教职工篮球赛第六名”“安徽省直机关保龄球比赛男子团体赛第五名”等荣誉。

校工会将深入学习贯彻党的二十届三中全会精神，与时俱进，开拓创新，不断加强自身建设，积极探索新时期做好高校工会工作的新思路、新途径，充分调动和发挥广大教职工的积极性、创造性，团结奋进谋发展、凝心聚力谱新篇，为实现学校高质量跨越式发展做出更大的贡献。