安徽医学高等专科学校学生社团共有17个，其中学习类社团6个、实践类社团5个、兴趣类社团6个，学生社团指导委员会为学生社团的自我服务和管理组织。学生社团以丰富校园文化生活、弘扬校园文化主旋律为根本宗旨，按照自我教育、自我管理、自我服务的要求，利用课余时间创造性地开展理论教育、科技创新、文化体育等活动，突出思想性、学术性、知识性、趣味性，提高大学生综合素质，为同学的全面成才服务。遵循“健康高雅、丰富多彩、富有特色、提高质量”原则，充分发挥第二课堂在学生素质教育和思想政治教育中的作用。

学生社团创新载体，坚持深化主题教育成果。各类团学活动紧密围绕当月主题，充分结合实际，突出思想引领，丰富活动形式和载体，为团员青年搭建思想道德建设和理想信念教育的平台，通过微博、QQ、微信公众平台等新媒体拓展活动外延，吸引青年团员参与互动。组织开展“青春志愿行，健康伴你行”主题月活动；“点燃阅读激情，共建书香校园”主题月活动；“心系团情，献礼青春”主题月活动；暑期实践主题月活动；青春季·医专情”校园文化艺术节；“珍爱生命、热爱生活”主题月活动等，取得良好的社会效果。

荣誉：1.《大学生自创话剧展演》荣膺全省共青团工作品牌案例“十佳”。
2.话剧《来自喀喇昆仑的梦》再全国大学生艺术展演中获甲组二等奖；合唱《二十四节气歌》《I Say A Little Prayer》获省级甲组二等奖；摄影作品《迟暮》获省级甲组一等奖，微电影《合唱青春》获省级甲组三等奖。
3. 广播节目《医声有你》多次获安徽省直大中专院校优秀校园广播节目一等奖。
4. 大学生艺术团、大学生青年媒体中心连续两年获得省直机关“十佳学生社团“荣誉。